есть два проекта 90% файлов разные,
хочу объединить в один проект,

так сразу не нашел как сделать...

если планировалось обьединение, то должны быть были быть не два проекта, а две ветки, которые потом обьединяются с помощью merge. также для набора готовых решений на все случаи жизни можно глянуть http://gitready.com/

нет два совершенно независимых проекта, имеющие разные исходники (ну образно говоря - один проект контроллер памяти, другой DMA)
изначально не планировалось их объединять

то есть хранилища никак не связаны

то есть merge для файлов проводить не надо, надо только для директории, если так можно сказать

тогда просто добавляем все несуществующие файлы из одного проекта в другой, общие файлы не трогаем или патчим в соответствии с задачей

это понятно,

но если хочется сохранить историю добавляемых файлов?

думаю где-то так:

cd project1
git remote add project2 ssh://......
git pull -s resolve project2 master

спасибо.
то что можно pull делать из "неродного" репозитория я сталкивался, просто не было понятно бага это или фича.

можно добавить что если -s resolve не проконает, т.е. в одних и тех же файлах из разных проектов произведены различные изменения в одних и тех же местах, то добавляем no-commit и ручками правим проблемные места