В приборе есть плата разъемов, на которой стоит разъём USB. А МС обработки данных USB (AVR-USB CDC) находится на другой плате. Платы соединяются шлейфом длиной ~15 см. Возможно ли вести USB сигнал по этому шлейфу или это уже много и будут наводиться помехи? И где лучше ставить МС защиты USB около разъёма или у AVR-ки?

Там довольно большой запас по расстоянию. Ведь есть же еще и передняя панель компьютера. И согласно спецификации USB2.0 возможна длина шлейфа
от материнской платы до разъема на передней панели что то около 18 дюймов или полуметра. Плюс Вы видели длину кабеля USB2.0 он тоже входит в общий
расчет длины. Поэтому 15см это допустимая длина. Все защиты от помех ставятся как можно ближе к разъему USB, и даже как можно ближе к сигнальным
пинам на плате этого разъема.

Спасибо. Про внутрикомпьютерное соединение я не подумал.
И ещё не отметил, у меня USB-1. Частоты меньше и ситуация наверное легче будет?

Там вообще требования упрощаются. Скорости очень небольшие. Но не слишком, потому что и кабели и драйверы тоже дубовые. Но все равно проще.

Спасибо!