Вопрос в следующем, делаю высоковольтный флай 200DC в 1200DC, 13Вт выход. Как правильно выбрать частоту преобразования. Если взять первичку транса и пропустить ее через генератор, а с противоположной стороны обмотки осциллограф, то постепенно наблюдаем, с ростом частоты, искажение по выходу, сначало видем меандр, далее он промодулирован синусодой, еще далее с повышением частоты меандр превращается в синусоиду. Помимо этих искажений имеется несколько резонансов. На каком из этих участков правильно выбрать частоту преобразования, где будут наименьшие потери на ключе?

Не на ключи смотрите, а на диоды. И паразитную ёмкость вторичной обмотки трансформатора. На таких мощностях ключи запросто будут работать выше мегагерца.