Есть IAP с криптованием, который будет использоваться для обновления прошивки. Вопрос: где его лучше поместить? В бутовую область нельзя. Есть вариант в последнем секторе. Кто где его располагает?

Вы наверное имеете ввиду свой загрузчик? IAP - это in application programming, по определению не может быть крпитованым, потомучто LPC выполняет код из флеша только в расшифрованном виде.
Расположить можно где угодно, но логичнее в начале или конце, что бы не было дырок в адресах которые можно программировать.

Как-бы можно, но не нужно .

В последнем это НЕ вариант, поскольку последний, как минимум разный у разных контроллеров, да и размер его совершенно не адекватен требуемым функциям может оказаться и вообще, знаете-ли Вы с какого адреса начинается исполнение кода?
Посему нормальный вариант один.

Свой загрузчик класть надо именно в первый сектор, иначе как вы будете в него попадать при включении питания, когда еще нет никакой прошитой "рабочей" программы? Ибо в первых адресах флэш, откуда начинается исполнение пользовательского кода и где должны быть вектора прерываний, еще ничего нет.