Написал загрузчик для AT91R40008 в IAR, который позволяет залить программу через UART.
Остался вопрос - как оператору на голую плату залить загрузчик через JTAG?
Есть какая-нибудь утилитка, позволяющая работать с JTAG с командной строки? Кто-нибудь пользовал?