Возможно ли программирование АVR с помощью BBII через AVReal, если на плате нет кварца.

В общем случае да.

Схема tiny25, программатор altera byteblasterII.
Запускаю программу строкой avreal32 +tiny25 -ab
Выдается строка altera byteblaster not found. Сам по себе byteblaster живой, проверял в квартусе, программировал ПЛИС.

А версия avreal какая?
В 1.26rev0 при переписывании части кода (предупреждение странного поведения LPT на некоторых чипсетах), была внесена ошибка в определение наличия именно BB-II.
В 1.26rev2 это было исправлено и проверено на фирменном BB-II
Больше вроде бы проблем не было.

Все заработало, надо было указать, что тактирование будет идти от BBII, ключ -o0

Хм, на "byte blaster not found" это повлиять не должно было. Это уже дальше, на can't resync.