Описание из мануала:

P0[29]/USB_D+ 29 J3 I/O P0[29] — General purpose digital input/output pin.
I/O USB_D+ — USB bidirectional D+ line. (LPC2364/66/68 only)

P0[30]/USB_D 30 G4 I/O P0[30] — General purpose digital input/output pin.
I/O USB_D — USB bidirectional D line. (LPC2364/66/68 only)

Вроде как связи никакой. Но однако перевожу директом в режиме FIO 29-ю линию на выход, но она не работает. Перевожу заодно ещё и 30-ю на выход, тогда пашет 29-я на выход. Странно как-то.

Было описано в мануале. Вот:

Remark: GPIO pins P0.29 and P0.30 are shared with the USB D+/− pins and must have
the same direction. If either P0DIR bits 29 or 30 are configured LOW in the IO0DIR or
FIO0DIR registers, both, P0.29 and P0.30, are inputs. If both, P0DIR bit 29 and bit 30 are
HIGH, both, P0.29 and P0.30, are outputs.