Как сделать так, чтобы прерывание от ножки at91sam7s256 срабатывало по любому фронту(полож./отриц.)?

А там же вроде и так можно только по обоим фронтам

Вот как раз это и не понятно, в документации написано для регистра AIC_SMR, поле SRCTYPE, для Internal Interrupt Sources только Positive edge triggered, для External Interrupt Sources и Positive, и Negative edge triggered. Т. е. получается для AIC прерывание от PIO это внутреннее прерывание и AIC не работает напрямую с ножкой, он работает только с PIO, и когда значение на ножке меняется, PIO генерирует прерывание независимо от того какой фронт полож. или отрицательный? Правильно я понял?

Правильно, по изменению уровня на ножке, если разрешено для этой ноги - генерируется прерывание.

Да, все правильно. AIC нужно сконфигурировать на работу по уровню, прерывание будет генерироваться по любому фронту.