При работе с АЦП рекомендуется аналоговое питание вести через фильтр. Как я понимаю, это повышает точность. А как она изменится, если не применять этого фильтра? Питание от "Крона" через AD стабилизатор.

Все стабилизаторы имеют параметр Ripple Rejection, который и характеризует способность сглаживать импульсные помехи. Эта характеристика очень напоминает АЧХ операционного усилителя и на частоте порядка 100 кГц составляет всего порядка 20 дБ (а то и хуже). Поэтому от высокочастотных помех (порядка частоты работы контроллера) стабилизатор никак не спасает. И не важно от батарейки идет питание или нет. Тут без вариантов необходимо ставить пассивный ФНЧ.