В цепочке стоит последовательно xcf02s и SPARTAN 2. Почему-то то правильно то неправильно читаеться Device ID и вобще какие-то проблемы в линии. Хотя цепочка ISE 6.3 определляеться правильно. PULL UP по линиям JTAG стоят. Каабель програмирования фирменный, всё конденсаторы и резисторы необходимые в нём есть. Что может быть, может какие-то ёмкости ещё надо ввести или наоборот убрать подтяжки. Не пойму. Раньше вроде с такими проблемами не сталкивался.
Да и ещё пробовал из цепочки убирать спартан, флешка xcf нормально шьёться и спартан из неё запускаеться, как включаю в цепочку спартан начинаються глюки с прошивкой, причём оставлял один спартан в цепочке теже проблемы.

Питание на спартане в норме? Что на prog?

posmotrite resitor na MO1, M1, M2 nozhkah u spartana

M0-M2 я заземлил, так как загрузка идёт в режиме Serial Master Mode. Питание в норме 3.3 и 2.5. На ножку прог не смотрел. НО там дотяжка через 5.1 до питания 3.3.

Похожая ситуация была у меня. В цепи находились XC95288XL и XCV300. Как выяснилось, причиной было возбуждение буферов, подключенных к ФПГА. Буфера (74ABT16245) в свою очередь, звенели из-за того, что выходы незапрограмированной ФПГА находились в Z-состоянии, а некачественная трассировка моего модуля обеспечила обратную связь. С помощю М0-М2 можно установить нужный режим конфигурирования в сочетании с высоким уровнем на выходах незапрограмированной ФПГА, что я и сделал. Звон исчез, цепь JTAG стала нормально работать. Не знаю, насколько совпадают режимы Вертекса и Спартана, но комбинация М0-М2 = 000, на Вертексе устанавливает Master Serial с Z-состояниием выходов. Рекомендую проверить режим Master Serial with Pull-ups.

Спасибо попробую, я просто считал, что это может быть ещё из-за того что вывод PROG спартана я завёл на вывод CF микросхемы XCF02S и она как-то на этом выводе мешает JTAG цепочке. Но скорей всего это маловероятно, потому что в даташитах именно так и рекомендуют заводить PROG на CF.