При разводке платы получилось что длина линии тактового сигнала составляет ок. 6см - частота 12 МГц- не подскажите -критично ли это (тактируется ПЛИС) и какими номиналы емкости использовать для обвязки?

Для такой частоты эта длина ерунда. Важно лишь, чтобы линия не была высокодобротной и соответственно не "звенела" от импульсов с крутыми фронтами.
Для обвязки ЧЕГО?

Я имел ввиду развязывающих конденсаторов никаких ставить не надо между выходом и землей?

Зачем??? Вы сами-то в этой фразе не чувствуете некоторого диссонанса? "развязывающий" и "между выходом и землей". Тут пожалуй слово "связывающий" будет более уместно

Понятно ) . Спасибо Вам.

Но резистор последовательно с линией, думаю, не помешает. Все-таки дорожка 60 мм это индуктивность единицы мкГн получается. Может и "зазвенеть".

А какого номинала?

20...100 Ом последовательно, со стороны передатчика. В идеале сопротивление должно соответствовать волновому сопротивлению линии, но оно (это сопротивление) складывается из внешнего резистора и сопротивления открытого канала на выходе логического элемента. На практике еще со времен PC AT в линиях ставили резистор на 22 либо 33 Ом. Уже при таком номинале "звон" резко уменьшится. Хотя 6 см это совсем не много, но согласование все равно полезно делать....

Если рассуждать теоретически, то нужно уравнять волновые сопротивления передатчика, линии связи и приемника. Но в данном случае нужно просто уменьшить добротность линии (внести диссипативный элемент). Номинал должен быть такой, чтобы он не оказал существенного влияния на параметры (амплитуду и фазу/крутизну фронтов) сигнала, но в то же время изменил ("ухудшил") переходную характеристику линии связи. Изменил до быстрого апериодического затухания при реакции на "ступеньку", коей и является ваш тактовый сигнал. Обычно ставят резистор от 30Ом до 120Ом.

Спасибо.