Имеется некое пользовательское ядро pcore в которое может придти сообщение о том, что систему нужно перезагрузить. Как это грамотно выполнить? Попробовал вывести наружу регистр состояния пользовательского ядра, который подключен ко входу едк-ашного модуля сброса. В результате система зависает.

А просто, перезагрузить прошивку в ПЛИС?

Это исключено. Нужно сохранить состоянее регистров пользовательской логики.

А у вас по vector_reset не bootloop случайно сидит?