Используемый процессор SAM9260
Требуется в случае зависания программы загружаемой из датафлэш на NSC0 перезагрузить систему целиком, при этом опуская RESET на первом Dataflash в 0. В этом случае загрузка пойдёт по NSC1. Если снова срабатывает внешний сторожевой таймер, то требуется отключение обеих dataflash. А дальше задействуется NAND или происходит отключение сторожевого таймера и система готовится бутится через DBGU.

Существуют ли готовые решения?

В противном случае потребуется воспользоваться сборкой триггеров, инвертировать их сигналы (чтобы после сброса триггеров все RESET линии выставлялись в 1), как тактовый сигнал пользовть спадающий фронт RESETа процессора от сторожевого таймера

Поставьте ATTiny мелкий, они как раз для таких вещей подходят. Если, конечно, программировать его не напрягает.

в моём случае применение контроллеров с flash исключено

Прикладываю на критику художество задуманного

Выход сторожевого таймера через инвертер попадает на такт триггеров, чтобы смена R1-R3 происходила по спадающему фронту сигнала сброса.
Каждый последующий такт сброса будет на R1-R3 давать ноль, отключая от загрузки AT45-е. После 3го такта отключится сам WDT.
Система сброситься в исходное только от внешних сигналов, либо после снятия питания.