Народ, никто не встречал выдраную оболочку с AVR Studio для програмирования контроллеров через stk500.
Может есть у когото чтото подобное?

Как я понимаю, Вам нужно управление программированием через STK500 из командной строки, независимо от AVRstudio.
В ТО на STK500 формат командной строки описан довольно подробно.

Я себе это пристегнул к оболочке IAR с помощью *.bat-файла.

Так кроме оболочки еще понадобятся PartdescriptionFiles. это как минимум.
Без AVR Studio она вообще может не работать.

Скачиваете и ставите авркомандлайнтулз http://www.atmel.no/beta_ware/as4/AVRCommandLineTools.exe. Пишите батники и программите без всяких оболочек.

Ставший стандартом "де-факто" AVREAL умеет работать с STK-500, работает из командной строки(если я ничего не путаю). Есть еще AVRDOPER, он точно может с STK-500 работать.

Ложь.

А почему нельзя avrdude использовать?
Если под виндой то отделаетесь только установкой winavr

Кстати, AVRDude можно скачать отдельно и для него есть немного неудобный GUI-шелл.
Если человек не хочет ради программирования STK-500 поставить AVR Studio, то маловероятно, что он захочет ставить winavr.

Если имеется ввиду AVR8_Burn-O-Mat, то нафиг -- это глючный ужас какой-то
Особенно под линукс, в винде тоже неайс. Просто avrdude GUI тоже неудобен.
winavr тем и хорош что при установке прописывает для "дудки" переменные окружения и его можно запускать батником прямо из любой папки с прошивкой.
Сам прошиваю плагином через avrdude прямо из eclipse.