Схему перерисовал,

Сомневаюс в правильности включения транзистора, как то не туда напряжение подается и не понятно достаточной ли величины. Режим работы устройства предполагается такой,
1. Есть 5в и батарея заражена, транзистор закрыт на CTL1 подано 1
2. 5в исчезло, батарея начинает разряжатся через диоды, AVR измеряет увеличившийся ток батареи и подает 0 на CTL1, транзистор открывается, кпд разрядки увеличивается.
3. 5в появилось, ток сменил знак, началась зарядка через открытый транзистор, AVR меряет ток и переключается в режим заряда постоянным током с помощью подачи на CTL1 импульсов регулируемой скважности, дальше детали зарядки, контроль напряжения.
4. Напряжение на батарее достигло 3.9-4.2в переход в режим 1.
Есть какие ошибки? недостатки?