Интересует есть ли в альтиуме возможность реализовать в одном проекте параллельно двалиста схемы и две платы соответственно не связанные друг с другом или лучше два проекта создавать?

А что мешает создать 2 разных проекта?

Нет. Принцип АД - одна плата - один проект (Ну, не считая панелизации и пр. подготовки к производству).

Можно заводить отдельные проекты с одной платой, но группировать их в одну рабочую группу, тогда схемы к отдельным платам будут относиться к отдельным проектами. Все проекты будут сгруппированы и структурированы. Не будет путаницы и можно будет создавать отдельные спецификации под каждую плату раздельно.