Написал простенькую программку которая просто мигает светодиодами. Но загвоздка в том, что один светодиод висит на линии AT91C_PIO_PA30.
Этой линией почему-то не получается руководить, хотя делаю все аналогично.

Что бы я не делал линия PA30 всегда в нуле, проверял на осциллографе уверенно в нуле. Хотя со всеми остальными ножками все в порядке. Никто не подскажет в чем может быть причина проблемы? Почему именно AT91C_PIO_PA30 не хочет "дергаться"?

Кроме светодиода на ней ничего не стоит? Возможно, закоротили или выжгли верхний транзистор.

Наверное вы правы, так как на другой плате все заработало, спасибо