Добрый день(или вечер)!
На плате соединяю дифф.парами( 4-ре пары приема и 4-ре пары передачи) два кристалла.
С одной стороны 10G PHY, а с другой Virtex5(GTX-трансиверы). В парах - последовательно включены конденсаторы.
По рекомендациям от Xilinx(UG198 стр.289-291) под конденсаторами желательно делать вырезку в ближайшем к стороне
установки конденсаторов слое земли для сохранения импеданса.
По другим рекомендациям, слой должен быть сплошным.
Кто-то что-то посоветовать может? Буду признателен, заранее спасибо.

Если целью является сохранение однородности импеданса линии на всем протяжении, то могут быть разные методы, включая этот.
Только, имхо, целью должна быть стабильная работа канала. А вот это будет зависеть не только от однородности, а много еще от чего.\
Поэтому советую моделировать поведение канала после разводки. Только так можно будет что-то попытаться гарантировать.
По поводу конкретно этого метода еще можно заметить, что у них ничего не сказано про слои питания, например, которые будут идти ниже...

если длина диф. пары меньше четверти длины волны, то однозначно надо делать вырезку, чтобы уменьшить паразитную емкость.

Имелось ввиду больше, а не меньше?

Короткие проводники (меньше четверти длины волны) представляют собой емкость, поэтому для них вообще нет смысла в контроле импеданса. Чем меньше слой земли под ними, тем лучше, потому что меньше емкость.