Вынул тут из загашника хз когда купленный имитатор JTAG ICE, на COM-порт. подключили его к AT90CAN, шить пытаюсь с помощью IAR. Версия 3.х и 4.х видеть его отказываются, точнее, говорят, device not supported, а версия 5.11 видит, работает нормально, запускает отладчик, встает на нужный адрес, регистры и порты пишет, но вот содержимое flash не меняет, хотя пишет что downloading, и светодиод желтенький моргает. В какую сторону посоветуете рыть?

Да собственно не в какую -- данный кристалл, как и многие другие, более не поддерживаются данным отладчиком.
Купи себе дракона и будет счастье.