в 2009 такой проблемы нет,
а в старой версии есть только цифровая нумерация, и привязка идет по ней, а не по именам шариков (А1, А2, ... В5 и т.д)

Как видно из приложеного файла, шарик с номером А3 (первый пин в корпусе) имеет ИМЯ P8. При этом, в символьном элементе первый пин имеет НОМЕР - P8 (см второй файл).
Нумерация пинов при упаковке идет по внутреннему sequential number, а не по Alphanumeric number.

В версии 2005 есть стандартный инструмент для создания BGA-компонентов.
Сначала надо создать посадочное место. Если у компонента стандартное расположение пинов - можно воспользоваться мастером создания компонентов - Wizard-ом.
Затем создается УГО.
После назначаются номера пинов -для этого используется термин Alphanumeric - т.е. буквенно-цифровая нумерация пинов, и привязку можно сделать по ней. См. в редакторе CAE Decal вкладку Part Information. Там надо отметить галочкой свойство Alphanumeric Pins for Part и перейти по вкладке Alphanumeric Pins, где и назначить требуемые буквоцифры для вашего компонента. Возможен групповой способ задания.

то есть уже созданные УГО/"символы" можно выкинуть и их нужно создавать заново?

по поводу создания посадочного места -
можно ли собрать визардом стандартный, а потом "отрезать" углы (как на приложеной картинке)
или при этом потеряется последовательность?

Выкидывать ничего не надо - посадочное место нужно к моменту создания компонента.
(компонент = посадочное место + упаковка + УГО)
Посадочное место можно корректировать, как вам нужно. При удалении лишних пинов
буквенно-цифровая нумерация не изменится. Можно даже совмещать в одном посадочном
месте буквенно-цифровую и последовательную нумерацию пинов.