В hex-файлах, если я не ошибаюсь, кроме программного кода может храниться инфа о FUSE-битах. А есть ли стандартный способ хранения FUSEов в файлах .rom?

Боюсь, что ошибаетесь.

В файлах .bat :
jtagice -ccom6 -B115200 -f0A3F -EFF -F0A3F -GFF

Это не то, jtagice совершенно не интересует, интересует сформулированный вопрос

Может, все-таки интересует ответ ?
А он очевиден - нет, стандартных способов не существует.
Но есть способ записи фузов для того, что программа управления программатором установила их правильно. А будет это jtagice, или любой другой программатор, не суть важно.
Но поскольку конкретной проблемы, которую Вам нужно решить, вроде как и нет, то см. выше.

Dog Pawlowa дал более чем исчерпывающий ответ. Колитесь каким программатором пользуетесь, курите его описание, если не поможет продолжайте тему.

Ура! (Нет, не потому, что не существует, а потому, что я получил ответ, который, как Вы верно подметили, меня интересовал )
Спасибо за ответ! (это без подколов)
[quote]
Теперь интересно бы уточнить его очевидность его: из 1-ых 2-х постов каким-то образом следует, что не существует стандартных способов хранения FUSEов в файлах .rom?