Скачал, Eclipse, плагин для AVR под него, всё поставил. WinAVR стоял последний.
Делаю всё как описано здесь:

http://avr-eclipse.sourceforge.net/wiki/index.php/Debugging

но чего то не получается.

Как подружить Eclipse с JTAGом? Кто делал подскажите пожалуйста как его настроить.

Что именно не получается? Как ведёт себя gdb?

Спасибо за ответ. Почти со всем разобрался, кроме двух проблем:

1. Когда запускаешь Debug в эмуляторе, то почему то красным много раз выдаётся вот такое сообщение:

decoder.h:59: WARNING: Unknown opcode: 0xffff

хотя что это за decoder.h я понятия не имею, не мой файл точно.

2. И вторая проблема, что avrice не почему то не находит мой jtag, хотя дрова для него из AVRStudio стоят. Пишет:

AVaRICE version 2.9, Mar 6 2009 08:16:00

Defaulting JTAG bitrate to 250 kHz.

did not find any USB device "usb"
USB device not found

Для начала советую почитать тут. http://winavr.sourceforge.net/AVR-GDB_and_AVaRICE_Guide.pdf
Если не жалко выложите свою программу, попробую у себя.
У меня avrdragon но это не принципиально.

Но дело то точно не в программе. программа примитив, была набросана лишь бы запустить отладку:

#include <inttypes.h>
#include <avr/io.h>

int main(void)
{
for (;;)
{
uint8_t temp;
temp=5;
PORTD=temp;
}
}