Делаю это так: vias до потери терпения проводниками по внешним слоям, все в рукопашную. Кто-нибудь умеет по-другому?

Нет. Вопрос уже поднимался. Я отправлял его на фирму, они обещали его со временем реализовать вставку массивов переходных отверстий на полигоны.

Как вариант, можно с макросами поколдовать, но универсального решения все равно не получится.

Спасибо, что-нибудь придумаю.