1. В ATxmega порт, настроенный в wired-and - типа с открытым стоком. Но я так понимаю подтянуть его к скажем 12В не удастся в виду наличия защитных диодов? Или может они отключаются? )) На диаграмме в ДШ вообще не нарисованы...

2. Можно ли не проверять CRC при связи двух контроллеров на одной плате синхронным USART? Расстояние до 5 см, скорость около 1 Мбит. Всмысле не можно ли, а какая примерно вероятность ошибки...

Ну и что, если не нарисованы? Посмотрите раздел ДШ "Absolute Maximum Ratings" и Вам все станет понятно, эти диоды не отключаются по определению.
СRC можно не проверять (и даже не считать) на любых скоростях и расстояниях и любом способе передачи, все зависит от конкретной задачи и степени "катастрофичности" последствий сбоя связи. Два примера:
1. Пропуск байта при перекачке музыки (даже не заметите при прослушивании).
2. Байт-команда (однократная) "Включить аварийную защиту реактора".
Ну а вероятность ошибки (если программы обоих контроллеров написаны корректно и окружающая среда не выходит за нормы допуска) равна практически нулю.