Можно ли организовать RESET через JTAG в режиме отладки? Или только в режиме программирования через JTAG?
Кнопка RESET на плате перед сбросом отладчика легче?

Вообще-то у него это предусмотрено . Но какой-то у Вас вопрос не законченный

А в чем проблема? кнопку reset (Shift+F5) в аврстудио вроде никто не отменял.
Если же нужно не только сбросить программу, но и дергнуть ногой, попробуйте в свойствах отладчика выставить опцию "активитровать внешний сброс при перепрограммировании устройства"