Есть слой питания разделенный на ОЧЕНЬ МНОГО Split Plane, каждому из которых присвоена своя цепь (Net). Есть другой слой питания, полностью дублирующий первый. Можно ли каким-то образом скопировать все Split Plane c одного слоя на другой с сохранением цепей?

Нет.
Но если оно полностью идентичный используйте гербер первого

о, и то верно! :-) Так и сделаем. Спасибо за красивую идею.