Столкнулся с аналогичной проблемой. Симптомы те же.
Q10.1 sp1.
СycloneIII
Собрал следующую ситсему:

NIOS на 50МГц
DDR на 100МГц (Ядро DDR SDRAM Controller with ALTMEMPHY)
В Eclipse Galileo скомпилил темплейт Memory test чтобы протестировать подключение DDR памяти.
Программа в on-chip (onchip_memory2_0).
все собирается без проблем.
Отладчик выдает:
Цитата
Downloading 02020000 ( 0%)
Downloading 02030000 (69%)
Downloaded 92KB in 2.1s (43.8KB/s)
Verifying 02020000 ( 0%)
Verifying 02030000 (69%)
Verified OK
Leaving target processor paused
\
Цитата
Using cable "USB-Blaster [USB-0]", device 1, instance 0x00
Processor is already paused
Reading System ID at address 0x02041008: verified
Listening on port 1549 for connection from GDB: 59saccepted
а затем тишина и в main не попадает.
Попробовал под ту же систему собрать темплейт Hello world - то же самое.
Попробовал исключить DDR из системы - пересобрал, скомпилил Hello world - заработало.
Quфtrus при сборке выдает ворнинг:
Цитата
Critical Warning: Fitter could not properly route signals from DQ I/Os to DQ capture registers because the DQ capture registers are not placed next to their corresponding DQ I/Os
Info: DQ capture register test_DDR:inst7|altmemddr_0:the_altmemddr_0|altmemddr_0_controller_phy:altmemddr_
0_controller_phy_inst|altmemddr_0_phy:altmemddr_0_phy_inst|altmemddr_0_phy_alt_me
m_phy:altmemddr_0_phy_alt_mem_phy_inst|altmemddr_0_phy_alt_mem_phy_clk_reset:clk|
altddio_bidir:DDR_CLK_OUT[0].ddr_clk_out_p|ddio_bidir_e4h:auto_generated|input_ce
ll_h[0] at (51, 40) is not assigned to the adjacent LAB of the corresponding DQ I/O DDR_CLKp~input at (59, 43)
Еще не разобрался с ним, но непонятно почему hello world не работает, когда DDR присутствует. Даже если с фронт ендом DDR что-то не так.
Ведь программа находится в onchip, Reset vector и Exception vector - там же.
TimeQuest вроде не ругается, хотя я ничего не констрейнил.