Работаю обычно с младшими моделями Циклона, теперь сделал три проекта на Циклон 3, всегда при загрузке использовал сигнал INIT_DONE. Загрузка последовательная от контроллера. Один из проектов на Циклон 3 сделал без INIT_DONE и проблем никаких не испытал. Вообще, есть ситуации, когда этот сигнал полезен ? Фирма Алтера тоже видимо не всегда считает этот сигнал необходимым, раз его можно не использовать вообще. Остальные сигналы для последовательной загрузки обязательны.

Ну, например, если в проекте есть процессор или контроллер, а плисина должна
формировать для него RESET, то иногда делают так:
RESET = CONFIG_DONE & INIT_DONE
(лично видел такую конструкцию в какой-то буржуйской поделке).

А для загрузки и одного CONFIG_DONE хватает.