
При замене этих функций простыми циклами for – все начинает работать.
После некоторых изысканий удалось выяснить, что для правильной работы этих функций необходимо указать опцию линкера -march=ucr2
(по-умолчанию было -march=ucr1

В AVR32 Studio эта опция находится:
Project -> Properties -> C/C++Build -> Settings -> Tool Settings -> AVR32/GNU C Linker -> Miscellaneous -> Linker Flags
Может еще кому пригодится.