Два мк обмениваются данными по SPI и USART.... нужно 2 канала развязать друг от друга... Что лучше для этого использовать? Может есть специальные микросхемы?

Не совсем понял, как это два МК сразу по двум интерфейсам обмениваются (зачем?) , но смотрите цифровые оптоизоляторы. Производят их, например, Analog Devices, TI. Многие из м/с изоляторов этих двух фирм даже pin-to-pin совместимы.

У меня старинный фитоновский эмулятор для 51 контроллеров с комовской опторазвязкой на АОТ128 регулярно прошибал компорты, что сподвигло меня в свое время отделить компьютерный компорт парой последовательных каскадов max232: RS->TTL->RS, тем и спасаюсь по сей день

Опторазвязка не отменяет необходимости коммутации устройств в обесточенном виде. В крайнем случае, когда "ни в жить" нужно подключить "на ходу", сначала следует выровнять потенциалы устройств и только потом подключать сигнальные концы. Скажем в интерфейсе USB, который для "горячего подключения" разработан, чисто конструктивно сигнальные выводы подсоединяются после того, как соединились выводы питания.