вот подошел в этому в плотную.
когда запустил из трассировщика FPGA pin swapping (или как-то так называлось) он мне еще один проект создал FPGA Project где создал файл с указанием что куда идет.
Помю в PCAD было все просто и красиво - нажал Optimise Net Length -> Auto
он пошуршал и все ноги оптимизировал за 3 секунды.
Как правильно в DXP это делать?