Пользуюсь данной программой (avrdude) относительно не давно, не понял как правильно прошить загрузчик, а точнее почему при записи она пишет всю флешь от начала (начальную область заполняет FFh)?

Ничего она не пишет, она стирает, если ей приказали. Уберите стирание.

как? прочитал всю доку не нашел... почему и спрашиваю.

сейчас делаю так:
прошиваю загрузчит
а потом программу без стирания чипа

Простите, это как?

ИМХО ZiB имел в виду без повторного стирания. Стирание только при прошивке загрузчика.

Вы всё неправильно делаете Надо прошивки до прошивки объединить.