Не нашел в калькуляторе где посчитать стоимость прототипных плат.

Пока такая возможность отсутствует.
Свои пожелания и замечания по работе PS-Electro можете оставить здесь.

Ну цена то хоть ниже чем при стандартном заказе Если да то сколько приблизительно отнять процентов от стоимости стандартного заказа?

Цена рассчитывается как для серийного заказа.

Ничего не понял, а в чем тогда преимущества прототипного заказа перед серийным если цена рассчитывается одинаково?

В скорости изготовления. В возможности изготовления по одной платке. Прототипное изготовление печатных плат.