при чем периферия не стандартная и требует железа снаружи FPGA (ну а переписать интерфейс под wishbone или подобную шину не проблема)

это, как правило, отладочные проекты, то есть нужно прежде всего иметь удобную отладку

пока приходится привязываться к вендорским тулзам, но Альтиум позиционируется как супер-пупер кросс платформеный тул -
там
и софт-коры разнообразнейших процов
и компилеры к ним
и даже C2H компилер-акселератор
ну и до кучи всякая мелочь в типа привязки FPGA к PCB
какой-то простенький симулятор
...

вопрос можно ли его использовать? комфортно ли?

хотелось бы иметь возможность:
подцепить свое IP написаное на SV и синтезируемое в Synplify к микропроцессорной системе собраной в Альтиуме
отлаживать (debuger, JTAG) софт (С++) на этой платформе, отлаживается некое хардварь-индепендент ядро, но внутрисхемная отладка очень приветствуется

некоторым удобством я бы был готов пожертвовать ради однообразия, ну а всякие ChipScope можно было бы и от вендоров пользовать

перейти к экспериментам напрягает отсутствие обсуждения Altium-а для FPGAшных встраиваемых систем - не хочется время тратить, если полная ерунда

присоединяюсь к вопросу, сейчас какраз проект подобный висит, думаю пытаться все в альтиуме сделать или нет

Одно время интересовался такой возможностью альтиума. Ни к чему не привело, было год назад и за недостатком литературы пришлось бросить и сделать проект в квартусе.
С джитагом была раньше такая политика, что вроде бы покупаешь у них некий нанобоард и там есть все что надо для счастья. Отдельных джитагов на тот момент вроде бы не было.
А так, конечно, кроссплатформенность это классная штука в наши дни.