В процессе отладки нештатно подключил макетную платку с микросхемой часов DS1307 по четырехпроводному шлейфу, начал работать на столе - все нормально, разобрался с запуском, тикала, читалась без проблем. Мастером выступает ATmega128-16 на одной плате (fSCL=50 или 100 кГц), ведомые расположены на другой плате - ATmega16 и FRAM FM24C512 - и отделены гальванической развязкой. Часы потом должны интегрироваться на плату ведомых за развязку, но временно подключены по шлейфу из плоского кабеля длиной не более 50 см. На макетке кроме DS1307 расположены по питанию - керамика 0.1 мкФ и электролит 47 мкФ, кварц 32768 кГц, батарейка CR2032 и подтягивающие резисторы по 5 кОм.
Когда подключил макетку с часами в стойку генератора (индукционный нагрев 60 кВт 66 кГц) она почти сразу перестала работать, хотя я не дошел до включения силового питания. Сразу после этого попробовал осциллографировать обмен ATmega128 с часами и увидел, что одна линия сидит в 0, другая - в высоком. Выпаял DS1307, заменил на сокету и новую - в генераторе опять умерла, хотя теперь просто не отвечает по адресу. Следующую опять поюзал на столе - работает...
Собираюсь теперь подключить только штатно на плату, там связи будут совсем короткими - не более 4-5 см.
Но почему они умерли и не повторится ли на целевой плате???

Они умерли потому что микросхемы с батарейным питанием обычно не имеют защитных диодов, чтобы не подпитывать основную схему.
А повторится или не повторится ? Смотря как далеко Вы пойдете в таком радиолюбительстве.