В общем разработал плату под AT91SAM7. Одну версию сделал в кустарном варианте, отладит, Сделал заказ на заводе сделать 10 плат.
В общем 5 на 5. 5 плат прошилось, все ок и программа работает корректно. А ещё пять прошиваются с ошибкой, пишет что не найден процессор пробую. SAM-BA и SAM-PROG. Все сделано абсолютно идентично. Ножка TEST используется, прошивку стираю.
Какие ваши предположения почему они могут не перепрошиватся?
Спасибо!

Так S у вас, или X? Как бы две большие разницы.

У меня X.

Тогда оставьте TST в покое (т.е. в низком уровне) - после ERASE должен нормально запускаться загрузчик. Если этого не происходит, проверьте первым делом кварц и фильтр PLL.