У вас указано что для класса А, минимальный диаметр металлизированного переходного отверстия не меньше 0.4 мм, судя по схеме на сайте это диаметр не сверловки а отверстия с металицацией, а CAD у меня задает диаметр сверловки, соответственно мне нужно производить пересчет с учетом толщины осаженной меди. Так какое мне задать диаметр переходного что бы уложится точно в класс А и при этом не переборщить? Лучше подскажите параметры переходных с учетом того что я их буду размещать на падах SMD 0603 и уложусь ли я при этом в ваши тех нормы?

Для переходных отверстий закладывайте диаметр сверловки. Этого вполне достаточно.