Вопрос:
Есть схема "Э3" (некоторые соединение на плате будут производится навесными проводами),
как данную ситуацию отрисовать в редакторе схем, чтобы связь в схемеи в плате была тоже, но как ошибка о не разведенных цепях не выдовалась?
Если я правильно понял " Harness в этом случаи не поможет....это псевдожгут

Если "в лоб", то я бы как разьем сделал, или бы просто элемент большой, или две контактные площадки.

Графическими линиями (не wire, а line) - для платы - неразведенную часть проигнорирует, для монтажа - только картинка нужна. Можно надписать над линией чего-нибудь.
Я бы так сделал.

Не поможет.
Провода все равно впаиваются в Pad. Значит два компонента + Place/Line

А как указать на схеме два smd конденсатора которые будут паяца бутербродом?

Можно, но не нужно
самое простое --- удалите одному посадочное место
Хотя есть и другие возможности

Так скорее всего по схеме заложен только один, а второй в "бутерброде" идет в качестве корректировки номинала. Я бы посоветовал оставить один конденсатор без всяких бутербродов, а в ПЭ3 поправить номинал.

Если так, то еще проще, в Схеме один, на PCB 2.
Работает