МК: ATmega16l.
Напряжение питание: 3.3 В.
Программатор: JTAGICE mk2(ISP mode).
IDE: AVRstudio 4.17 666

Не провести программирование и установить fuse биты. При первом чтении сигнатур или fuse битов все отображаеться корректно, но при последующих манипуляциях( обновить сигнатуры или считать fuse) -- сигнатура неверная, fuse сбрасываються в 0( установка всех возможных галочек). Если не отключая питания перезапустить программу для прошивки МК, то ситуация повторяеться. Erase провести можно. Проявляеться на 3 платах из 6. 3 работают и прошиваються корректно.

в чем беда ?

Вероятно в Vtarget пине. Vcc программируемого проца, без резисторов должно идти на пин Vtarget.

неее. с подключением все в порядке, но перепроверю завтра.

накрылся JTAGICE

Если не гарантийный случай,
Могу порекомендовать попробовать такой финт -
1. разберите JTAGICE-MKII, киньте перемычку от USB +5V (с технологического разъема) к Vtarget через резистор ~500om.
2. на отлаживаемой плате отрезать соединение Vcc-Vtarget.
Подключать JTAGICE к компу придется естессно только через USB.

PS: Atmel такой финт не рекомендует делать (писал им в техподдержку), но вопреки их предостережениям сам этим финтом пользуюсь уже года 3, на трехвольтовых девайсах ведет себя нормально.