Каким софтом лучше прошивать в серии при установленном Security bit? Проблема в том, что, например, SAM-BA после прошивки пытается прочитать флэш и в итоге виснет, т.к. эта операция уже под запретом.

Самба не прошьет - надо сначала стереть кристалл (замкнуть ERASE), потом перезаписать самбу (TST), и только потом шить (это для SAM7S).
Можно держать в программе загрузчик, который позволит обновить ПО, Security bit этому не мешает.
Кстати, Security bit может ставить уже сама окончательная программа.

В моей прошивке есть код, который устанавливает Security bit. Устанавливать его с помощью каких-либо программ не вижу смысла, да и вообще это ненадежно, т.к. его просто могут забыть установить.
Самба прекрасно прошивает проц, но потом автоматически пытается прочитать содержимое памяти, видимо для проверки записи, и зависает, т.к. чтение уже запрещено! Меня интересует именно софт, в котором я могу либо отключить проверку записи, либо программа будет адекватно реагировать на невозможность такой проверки.

PS Erase нужен при перепрошивке микроконтроллера с установленным Security bit.

Не понятно.
Самба прошивает проц, но поскольку самба еще работает, то программа не запущена (иначе самбы уже не было) и никак записать этот бит не может.

Я так понимаю, что перед тем, как флэш позволит себя прочитать, происходит проверка Security bit, который уже в результате прошивки установлен и запуск моей программы, как таковой, не требуется.

Каким образом он оказывается установлен, если самбу об этом не просили, а прошитая программа еще не запускалась? Если ваша программа ставит security bit самостоятельно, то зачем ставить его еще и самбой?
Вообще, лучше использовать SAM-Prog - он немного менее глючен и как раз предназначен для прошивки серии.

В том то и дело, что я не включаю в Самбе скрипт установки Security Bit.

Сейчас попробовал залить еще раз, чтобы написать, какую ошибку выдает Самба - и, во те раз, не зависла.
В общем, прикол в том, что сейчас прошивал JLink`ом ver.8, а до этого ver. 7 - видимо проблема была в старом девайсе.