Практическое наблюдение, может кому пригодится:
- настраиваю TC0 в режиме WAVE - Up with automatic trigger (WAVE = 1, WAVESEL = 10), RC = N
- TC1 в режиме WAVE - Up'n'Down with automatic trigger (WAVE = 1, WAVESEL = 11), RC = M
- таймеры стартуют по SYNC
- в железе, если N = M * 2, моменты перехода через 0 TC_CV обоих таймеров "синхронны", в смысле, не расходятся со временем
- в программном эмуляторе KEIL "синхронность" обеспечивает значение N = (M * 2) - 1

Небольшое пояснение - мне нужно примерно ловить момент перехода TC1_CV через 0, а как это сделать без следящего таймера (прерывание по CPCS для TC0) - я не соображу. "Момент" ловится для модификации TC1_RA, TC1_RB и TC1_RC (ну, и соответственно TC0_RC) с целью изменения параметров генерируемых сигналов.

KEIL RealView MDK 4.01