До этого пользовался STK200/300 (самосбор), а с мегой как? Только не такие варианты - собери програматор с таким то мк.
По описанию, для последовательного программирования нужно PEN к нулю притянуть и через uart0 и SCK шить. Или все проще?

Нет, только сложнее. Самый простой и надежный способ, это собрать кабель для порта принтера с одной буферной микросхемкой(но есть варианты и без нее, если кабелек короткий 10-20см). Использовать AVREAL ln.com.ua/~real/avreal/
Там есть описание всех вариантов кабеля и совта для зашивки.

Я для заливки в AtMega* использую PoniProg http://www.lancos.com/prog.html
Простые переходники к разным кристалам (включая серийную память),
неприхотливый к ресурсам компьютера, простой интерфейс.
Советую воспользоватся именно этим софтом.

Советую воспользоваться UNIPROG(http://avr.nikolaew.org/) он поддерживает
большинство новых контроллеров и имеет нормальный Windows интерфейс. Раньше пользовался PonyProg, но он уже давно не обновляется, поэтому я для себя решил что перспективнее использовать UNIPROG.

Ну и уж если совсем хочется комфорта, то можно использовать

http://twinpicks.tripod.com/

очень неплохая разработка. Я бы даже сказал, лучшего нет ничего...

Всем спасибо! Затык был из-за вывода PEN. А поскольку уважаемый nml разъяснил, что шить можно по сбросу (как обычно), то проблема исчезла. Но появились мысли об отладки через Jtag, но это не горит. Потом соберу. Спасибо за ссылку на http://twinpicks.tripod.com/. может и попробую - считаю что интерфейс должен быть на понятном языке. меньше шансов ошибиться.

Когда дойдут руки можете порыться на этом форуме, я выкладывал и схему и прошивку.

Не в качестве рекламы, а так, к слову... Я использую для отладки тот же шлейфик, по которому и программирую. В программу МК вставляю небольшой модуль обработки прерывания SPI, и в реалтайме вижу содержимое памяти. И изменять могу. Затрат = 0. Здорово помогает.

Не нашел файлов. Обновите, пожалуйста, линк. А ICE II нет в запасах? Спасибо

Выкладываю ещё раз.
Прошивки слегка пожилые, но их можно обновить из AVRStudio:
1 - переставляем джампер на программирование;
2 - подключаем ISP программатор AVRPROG (внимательно с распиновкой!);
3 - программой AVR Prog (входит в AVRStudio) заливаем Upgrade.ebn, который лежит в папке C:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICE;
4 - переставляем джампер на работу, подключаем к устройству, работаем.

IgorKossak, дай пожалуйста схему в обычнй картинке, нету у меня PCADа .

2 hd44780
а у меня есть PCAD , конвертнул:

Ну тогда для полноты счастья вот Вам ещё и перечень элементов.

Есть еще такая программа spijtag
я попробовал сделал работает
Там правда была только мега 128
но может сейчас поменялось что то
http://www.spijtag.com/

Прошивка Atmegi 64, Чем проще прошить?

Смотря для чего . Если у вас одноразовая работа то пять проводков.Если вы этим занимаетесь регулярно и нужны комфортные условия работы советую собрать AVRISP и JTAGICE к сожалению последний атмелом уже не поддерживается но мег от 16 до 128 на наш век хватит.И несколько советов:
1.Не надо заморачиваться над печатной платой . Я полтора года как собрал AVRISP ,JTAGICE и AVRPROG (пользую только для обновления прошивок) на общей макетке - работы на день.
2.В AVRISP и JTAGICE ставьте mega8535L и mega16L соответственно дабы юзать 3-х вольтовые девайсы.
3.Вместо COM завязаться на usb через ft245.
4.Не нужно зацикливаться на том что JTAGICE поддерживает меги от 16 до 128. Я прогаммы для 2313 , тiny иногда отлаживаю в меге 16 через JTAGICE это гораздо удобнее чем через симулятор.
Удачи