Собираюсь применить оптические одномодовые WDM модули для 100Base-FX. Они бывают 2 видов, N3 (TX-1310, RX-1550) и N5 (TX-1550, RX-1310). Я так понимаю, соединять надо попарно, N3 к N5. Есть какой-то стандарт построения сетей? Какие, например, модули используются в медиа-конверторах?

Соединять надо попарно. В различных свичах и конверторах используют в основном SFP-модули, с разъемами типа LC, либо SC(наиболее распространенные).

Ну про SFP SC то понятно, а какие именно, N3 или N5 в однопортовом медиаконверторе?

Могут быть варианты как с N3 так и N5.
Надо спрашивать, что на другой стороне стоит.
Например, у вот этих есть 2 варианта
http://stb.teletec.com.ua/doc/TETE_ENTERNET.pdf

Кстати, разрабатывали подобное приведенному, но заказчик соскочил.
До производства не дошло. (Разработаны схема и ПП).
Если есть интерес - пишите в ПМ.