Кто знает готовое автономное (без компьютеров/ноутбуков) решение для программирования CPLD Altera/Xilinx по JTAG? На объекте нужно обновить прошивки, а доступ с ноутом невозможен

Конечно можно! Средство это - любой МК, имеющий 4 или более свободных пинов GPIO (для "ногодрыжества"). Не знаю как у Altera (не работал с ними), а у Xilinx протокол программирования CPLD описан и документирован.

Вопрос в готовом решении, т.е. купить/повторить. Понятно, что протоколы известны. А времени нет.

У ксайлинкса есть аппликуха о том, как микроконтроллером можно шить.
И исходники по-моему тоже есть...

У Альтеры есть jam player в исходниках. Компилите его под свой контроллер, генерите jam файл с прошивкой и в путь.