У меня такая проблема, не могу остановить сторожевой таймер в режиме Idle Mode.
Процессор AT91SAM7S256. Компилятор IAR. Во первых, сторожевой таймер невозможно отключить в основной программе после того как он был запущен. Ставлю бит AT91C_WDTC_WDIDLEHLT все равно не помогает.
Привожу примерный код программы в момент входа в Idle mode:
AT91F_WDTRestart(AT91C_BASE_WDTC);
AT91C_BASE_WDTC->WDTC_WDMR |= AT91C_WDTC_WDIDLEHLT;
*AT91C_PMC_SCDR = AT91C_PMC_PCK;

Что делаю не так?

WDMR допускает только одну запись (Read-write Once), поэтому WDIDLEHLT надо ставить сразу при инициализации.