Заказали фотошаблон. Сделано на базе PCAD-4.5.
Что такое фотошаблон(четкой специфики не знаю),
знаю только что из 3х слоев: PINTOP(для дорожек), PINBOTTOM(для дорожек), PIN(там где и PINTOP но для метализации).
PINTOP и PINBOTTOM оказываются под лаком.

Обычный вывод в слое PIN является целиком метализированным и готов под пайку.
Причем в PCADе отображается непрерывно(сплошным прямоугольничком).

Как думаете, страшно ли если вывод окажется круглой точкой,
а форма вывода в том же слое что и вывод представлена полигоном.
Он такой (прямоугольничек заштрихованный).

Ничего не понятно в вашем вопросе. Фотошаблон (готовый) - это полная и точная копия того, что должно получиться на стороне печатной платы (или в определенном слое для многослойных плат). Полный рисунок металлизации, с точными размерами.
Вот и думайте хорошо или плохо то, что у вас имеется сейчас.

Вопрос об отражении полигона.

Объекты, находящиеся в слое PIN отражаются на метализации.
Отражается ли ПОЛИГОН(в этом же слое) ?