минусы
1) как я понял ISS не поддерживается gdb или невнимательно читал(?)
2) требуется начальное прочтение док, чтоб знать какие команды
плюсы(имхо)
1) проект собирается в виде app+bsp - то есть внятный контроль над проектом, например, можно править исходники библиотек, при том, что глобальные (референсные) сорцы остаются без изменений (в эклипсовой ситемной библиотеке фиг найдешь откуда инклудится)
2) все гораздо быстрей происходит (хотя цигвиновый make не быстр, но эклипс пользуется им же)
3) дебагер поудобнее для эмбедедных задач
у меня еще есть специфика, что очень часто приходится как-то удаленно разбираться с проектами (через teamview-ер или прочие виндовые прибабахи) или программисты описывают какие-то немыслимые глюки при сборке - разбираться в эклипсе трудно - пока перерисуется картинка по сети..., ну и милион галочек, расставленных в самых неожиданных местах проверить трудно - все-таки makefile в плане разобраться, что происходит не так, сильно проще
меня лично эклипс раздражает не сильно (за пару месяцев привык), но смотрю - его используют (для разработки NIOS С++ приложений) восновном как дебагер, а редакторы используют внешние, то есть не только я считаю, что не так уж он и удобен...