как сделать так, чтобы полигон в сконвертированном файле?, из pcad 8.7 в pcad2006, не имел свойства "открываться" в тех местах, где он соприкасается с другой цепью? (чтобы если он находит на переходное отверстие или проводник другой цепи, то он бы просто накрывал другую цепь с другим именем, тем самым образуя на плате единую цепь)

Utils -> Reconnect Nets -> [x]Check for Copper Sharing

А это именно Polygon или Copper Pour? Если второе - то никак, у Copper Pour есть свойство принадлежности цепи и остальные цепи он всегда будет "обтекать" с заданными зазорами. А то, что Вам нужно делается только Polygon-ом - этот никому не принадлежит и "накрывает" все, на что попадает.

а можно в процессе работы изменять Polygon на Copper Pour и наоборот??
и как можно сделать, чтобы Polygon был прозрачным, как в pcad 8.7. чтобы было видно что под ним и что на другой стороне??

При импорте PDF из Pcad 8.7 в диалоге настройки слоев поставить галку Convert Polygons to Polygons