Переделываю 6-ти слойку на 4-х.
В идеале нужно:
1->1
2->4
3-> никуда
4-> никуда
5->3
6-> никуда
Для начала, просто ремаплю с изменением 5->3, после этого перестают добавляться (двойным щелчком или F10) VIA, при этом по F2 VIA добавляются.
Предварительно все полигоны с платы удалил.
Позже заметил, что этот эффект происходит только при "перекрутке" слоев, т.е. если проести 1-1, 2-2, 3-3, 6-4, с VIA проблем не наблюдаю.