Вопрос следующий . Как включить внутренний подтягивающий резистор на входе ПЛИС МАХ7064S. Пакет MAX+PLUS II. В команде Assign/Logic Options/Individual Logic Options ставлю галку в чекбоксе ENABLE PULLUP
RESISTOR. Результат - компилятор не ругается, но вход по прежнему в нуле.

Я думаю, что у вас несколько неправильный подход.
Поставить z-буфер, и настройте его, что-бы он всегда был z, сигнал снимайте прямо с ножки. В этом случае должен заработать подтягивающий резистор.

Все выяснил, серия MAX7000S не поддерживает внутренние подтягивающие резисторы.

Их вообще у альтеры в CPLD до MAX II не было . В своё время в качестве альтернативы ставил вместо EPM7128S.. Атмеловский ATF1508.. - в нём они были и иногда это безумно упрощало жизнь. Правда у Атмела свои жуки в голове водились.